染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是在体内环境中研究蛋白质与DNA相互作用的经典实验方法，广泛应用于组蛋白修饰、特定转录因子的基因调控作用等相关领域。随着新一代测序技术的发展和成熟，染色质免疫沉淀实验与高通量测序的整合——ChIP-seq，可在全基因组范围对蛋白结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，同时也为研究的深入开展打下基础。 采用特异性抗体对目的蛋白进行免疫沉淀后，分离与其结合的基因组DNA片段，再通过高通量测序与数据分析，在全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，并且可以基于多个样品进行差异比较。 1、实验方案 测序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 数据量：20M clean reads 2、数据分析 2.1 标准信息分析 （1）与参考序列比对 （2）Peak分析 （3）Peak在基因功能元件上的分布 （4）Peak相关基因分析 （5）Peak相关基因的GO功能显著性富集分析 （6）Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析 （7）鉴定样品间差异Peak （8）样品间差异Peak的基因功能元件分布 （9）样品间差异Peak相关基因分析 （10）样品间差异Peak相关基因的GO功能显著性富集分析 （11）样品间差异Peak相关基因的Pathway功能显著性富集分析 （12）motif结构域预测 3、技术流程 4、案例分析 案例（1）FOXO转录因子作用位点特征 FOXO转录因子（FOXO）是控制物种寿命的中心调控因子，但是FOXO执行特定的细胞功能，包括成人干细胞内稳和免疫功能。FOXO直接作用的靶点已经在若干物种和细胞类型中鉴定得到。用meta分析从组织到生物体，以及哺乳动物，秀丽线虫和果蝇的FOXO靶向位点的数据。结果表明，FOXO作用的特定细胞是与细胞特定功能的相关的。而且FOXO在脊椎动物和无脊椎动物中存在相同保守区域的作用位点。这些与生物生长，新陈代谢，抗压力，蛋白质平衡相关的保守区域的结合位点表明，这些生物可能拥有同一个祖先。 图1 FOXO转录因子结合组织特异性的共同靶点 图2 FOXO转录因子结合靶点韦恩图和保守性分析 案例（2） 肝受体X和PPARG在癌细胞增殖不同调控机制的定义 肝受体X（LXRs，NR1H2，NR1H3）和PPAGR在HT29大肠癌细胞的信号进行全面的，全基因组的以及各个发展阶段的调控。PPAGR能够产生快速的短期的回应，并且对相应的基因进行活化。相对应的，肝受体X产生长期持久的激活功能，抑制基因活化，提供...
串联亲和纯化(TAP)-质谱鉴定 【技术简介】 （1）技术原理 串联亲和纯化（tandem affinity purification, TAP）技术基本原理包括：重组构建带有两种亲和纯化标签的融合靶蛋白，然后转染到宿主细胞或组织，带标签的靶蛋白表达并结合上相关蛋白质后，利用标签与相应磁珠作用，两步纯化得到相关蛋白质。TAP技术联合质谱对纯化后的蛋白质进行分析，通过生物信息学获得的蛋白相关性可信度高，为后续的验证工作节省大量时间。 （2）技术应用 TAP与质谱技术联用已成为一种高效且实用的方法，在生物大分子相互作用领域中被广泛应用。近些年，随着TAP标签的全面改进和质谱技术的不断发展，TAP-MS的灵敏度与专一性得到很大提高，使得该技术得以在更多领域发挥重要作用，也使得我们对蛋白质复合体进行系统性研究成为可能。 【服务内容】 构建融合Flag-HA的诱饵蛋白真核表达载体或者慢病毒载体；载体瞬时转染靶细胞或包装慢病毒感染靶细胞；TAP纯化互作蛋白；质谱鉴定互作蛋白。 【客户须知及标本要求】 （1）客户须明确检测目的和具体要求，最好能提供1~2篇文献或资料。 （2）SDS-PAGE条带：考染，条带清晰可见；蛋白质溶液：蛋白质总量>5μg/μl。 （3）蛋白洗脱液：定量并计算总蛋白量，真空干燥后，密封好管口，冰袋包装寄送。 （4）蛋白质条带（考染）：从凝胶上割取条带时，避免污染，将条带放入EP管内，密封好管口，冰袋包装寄送。
目前，集团拥有Illumina NextSeq 500、HiSeq 3000、MiSeq和Ion torrent等高通量测序仪组成的大规模高通量测序服务平台，可以提供涵盖基因组学、转录组学、表观遗传学、免疫组学、蛋白质组学等各种测序服务和高级生物信息分析服务。 NextSeq 500和MiSeq是Illumina公司医学领域主流的测序平台组合。NextSeq 500能够在高产量运行模式和快速周转运行模式下灵活转换，两者的数据产量分别为30G、120G。MiSeq系统能够在8小时内从起始样本得到分析数据，是唯一一台集扩增、测序和数据分析于一身的新一代测序仪，每次运行能产生7G数据。Ion torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪，能根据反应池中的PH的变化快速“读”出DNA序列，具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势。
目前，集团高通量检测平台拥有Illumina NextSeq 500、HiSeq 3000、MiSeq和Ion torrent等高通量测序仪组成的大规模高通量测序服务平台，可提供涵盖exosome miRNA、exosome lncRNA、exosome circRNA在内的外泌体组学服务以及基因组学、转录组学、微生物组学、表观组学、免疫组学、核酸与蛋白互作组学、蛋白质组学等各种测序服务和高级生物信息分析服务。
目前，华银中心拥有Illumina NextSeq 500、HiSeq 2500、MiSeq和Ion torrent等高通量测序仪组成的大规模高通量测序服务平台，可以提供涵盖基因组学、转录组学、表观遗传学等各种测序服务和高级生物信息分析服务。 NextSeq 500和HiSeq 2500平台是Illumina公司2014年最新推出的强大而高效的测序系统。它们能够在高产量运行模式和快速周转运行模式下灵活转换，两者的数据最大产量分别为120G、600G。MiSeq系统能够在8小时内从起始样本得到分析数据，是唯一一台集扩增、测序和数据分析于一身的新一代测序仪，每次运行能产生7G数据。Ion torrent平台是基于半导体技术的台式高通量测序仪，能根据反应池中的PH的变化快速“读”出DNA序列，具有简单、快速、准确、灵活和低成本等显著优势。
