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ATAC-seq
首页 > 服务领域 > 精准医学 > 表观组学水平 > ATAC-seq技术,高效探索染色质开放区

       ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with High-Throughput Sequencing)是利用高活性转座酶Tn5探究染色质可接近性的高通量测序技术。具体来说就是利用转座酶Tn5来捕获全基因组范围内开放性染色质,再通过高通量测序及生物信息学分析来挖掘相关基因和顺式调控元件信息,以此探究转录调控相关问题。


应用方向:
※绘制开放染色质图谱,了解药物或疾病条件下的表观遗传调控机制;
结合motif分析,识别参与基因调控的转录因子;
识别转录因子调控的靶基因和功能元件;
结合核小体预测分析,明确核小体的定位;

ATAC-seq与RNA-seq、CUT&Tag等多组学和多技术联合分析,获取基因表达与上游调控元件、转录因子的关联信息,解析转录因子靶向调控变化机制。


技术优势
应用范围广:在全基因组范围内检测染色质的开放状态;
建库质量高:采用高质量进口Tn5酶,建库质量有保证;
生信分析全:提供IDR检查和核小体定位预测,以及多组学联合分析;

一站式服务:提供样品处理、ATAC建库、测序和分析的全套服务。


送样建议
新鲜或冻存细胞系样本:≥1×106 cell;
新鲜全血样本:≥5 ml,或冻存PBMC样本:1×106 cell/ml;

新鲜或冻存动物组织样本:≥100mg。


技术流程



实测数据


经典案例

自然杀伤细胞中全局细胞因子信号网络的解构:
      利用信号转导因子和转录激活蛋白(STAT)的细胞因子信号转导对于自然杀伤(NK)细胞的最佳抗病毒反应至关重要。采用了ATAC-seq、RNA-seq和ChIP-seq多组学方法解构和重建NK细胞中多种细胞因子信号通路的复杂互作,发现促炎细胞因子和稳态细胞因子形成协同轴,共同调节整体基因表达并进一步抑制由 I 型干扰素信号传导诱导的表达,这些细胞因子通过STAT蛋白和集体信号介导不同的表观遗传调控模式,最佳地概括了全局抗病毒反应。



参考文献:Wiedemann G M, Santosa E K, Grassmann S, et al. Deconvoluting global cytokine signaling networks in natural killer cells[J]. Nature immunology, 2021, 22(5): 627-638.